♦️حسابرسی مستقل معمولا یک ضرورت قانونی است و مدیریت سازمان مکلف به انجام آن است در حالی که حسابرسی داخلی ارزیابی مستقلی است که توسط مدیران سازمان (در سال‌های اخیر احتمالا در اجرای یک الزام قانونی) بوجود می‌آید. هدف اصلی حسابرسی مستقل، اظهار‌نظر در مورد صورت‌های مالی شرکت بوده به طریقی که به نحو درستی تنظیم و وضعیت شرکت را به شکلی مطلوب نشان داده که دارای اشتباه و تحریف با اهمیت نباشد. اما هدف اصلی حسابرسی داخلی، بررسی همه سیستم‌های کنترل داخلی است.
♦️حسابرسی مستقل ممکن است در مورد سیستم کنترل داخلی نیز اظهار‌نظر کند، اما این اظهار‌نظر به کنترل‌هایی محدود می‌شود که حسابرسان آن را به عنوان بخشی از کار خود مورد ارزیابی قرار داده‌اند، ولی حسابرسی جامع کنترل‌های داخلی از وظایف حسابرسان داخلی است. از آنجا که حسابرس داخلی در استخدام شرکت است، به طور پیوسته با مدیریت و شرکت همکاری داشته و می‌تواند سیستم‌های کنترلی و کارآیی آن را بررسی کرده و زودتر از حسابرسان مستقل به نواقص موجود پی برده و مدیریت را در جریان بگذارد. ماهیت حسابرسی داخلی، نظارت قبل از خرج بوده در حالی که ماهیت حسابرسی مستقل، نظارت بعد از خرج است.
♦️از طرف دیگر، حسابرسی مستقل تحقیق خود را تنها از نظر مالی انجام داده و رضایت وی از درستی سود و زیان و اصالت و صحت اسناد و مدارک مالی بوده و سیستم کنترل‌های داخلی، در بیشتر موارد وی را قانع ساخته و به ابراز عقیده حرفه‌ای در باب حساب‌های نهایی اکتفا می‌کند، در حالی که حسابرسی داخلی خط‌و‌مشی و سیاست مدیریت را در تمام جنبه‌های سازمان اعم از مالی و غیر‌مالی دنبال می‌‌کند.
♦️ نحوه رسیدگی حسابرسان مستقل به عملیات شرکت‌های بزرگ به خصوص با توجه به زمان محدود متکی بر نمونه‌گیری، تست و چک بوده و عملا نمی‌توانند آنچنان که حسابرسان داخلی به آزمایش و بررسی حساب‌ها و مدارک و اطلاعات می‌پردازند در جزئیات وارد شوند.