عد از پيروزي انقلاب اسلامي در سال 1357، به موجب قوانين و مقرراتي که به تصويب شوراي انقلاب رسيد شرکتها و مؤسسات انتفاعي و غيرانتفاعي متعددي ملي شدند يا تحت مديريت دولت قرار گرفتند. براي حسابرسي اين‌گونه مؤسسات، سه مؤسسه حسابرسي در بخش عمومـــــي ايران به نامهای
مؤسسه حسابرسي سازمان صنايع ملي و سازمان برنامه ، مؤسسه حسابرسي بنياد مستضعفان (1359) و مؤسسه حسابرسي شاهد (1362) تشکيل شد و هر يک حسابرسي و بازرسي قانوني گروهي از شرکتها و مؤسسات را عهده‌دار گرديدند.
در سال 1362 به موجب قانوني که به تصويب مجلس شوراي اسلامي رسيد مقرر شد با ادغام اين سه مؤسسه و شرکت سهامي حسابرسي (که در سال 1350 تشکيل شده بود و حسابرسي شرکتهاي دولتي را به عهده داشت) سازمان حسابرسي تشکيل شود.
اساسنامه قانوني سازمان حسابرسي در سال 1366 به تصويب مجلس شوراي اسلامي رسيد و به اين ترتيب، سازمان حسابرسي به صورت مؤسسه‌اي داراي شخصيت حقوقي و استقلال مالي و وابسته به وزارت امور اقتصادي و دارايي تشکيل شد که ضمن ادامه اجراي وظايف مؤسسات مذکور به فعاليت در ساير زمينه‌هاي مقرر در اساسنامه خود پرداخت.